Az egyetem életében az egyik legrégebben alakult szakosztály, az 1974-ben alakult férfi kézilabda. Először a megyei bajnokságban szerepeltek, majd 1996-2002 között feljutottak az NB II. Nyugati Csoportjába. 2003 nem volt egy sikeres év, kiestek és 4 éven keresztül a megyei bajnokságban játszottak újra. A csapat és a vezetőség átszervezése, meghozta az eredményt és 2006-ban ismét feljutott az NB II.-be.
2010-2011 idényben sikeresen vették az akadályokat és megnyerték az NB II. bajnokságot. A következő éven a vezetőség úgy döntött, hogy két csapatot is elindít a Magyar bajnokságban. Az egyiket az NB I./B-ben, amit az NB II. megnyerésével harcoltak ki maguknak, a második újonnan szervezett csapatot, pedig a Megyei Bajnokságba nevezték be. Az NB I./B csapat 2. helyen végzett, míg a 2-es számú megnyerte a bajnokságot és újra felkerült az NB II.-be.
Következett a 2012-2013 bajnoki év, ahol is elsöprő sikert arattak és megnyerték az idényt. Ezzel jogot formáltak az NB I.-ben való részvételre. 2013 nyara a csapat életében, a legnagyobb változást hozta, ugyanis megszerezték a jogot az ETO név használatára, így a 2013-2014 szezont ETO – SZESE Győr néven kezdték meg szeptemberben, ami nem hozott nagy sikert, minössze 10 győzelemnek örülhettek a győriek.
A következő idényt a 2014-15-ös szezon újra az NB/I B-ben kezdték, aminek azóta meghatározó és dobogó esélyes csapata lett.
A 2017-18-as idényben magabiztos és kiegyensúlyozott játékot mutatott a csapat, ami a dobogó második helyére volt elegendő.